Στόχος του ΠΜΣ Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Πληροφορική είναι να προσφέρει θεωρητική και εφαρμοσμένη γνώση των ζητημάτων του Χώρου και των σύγχρονων προσεγγίσεων διαχείρισής τους με την αξιοποίηση μεθόδων και τεχνικών της Επιστήμης των Γεωγραφικών Πληροφοριών.
Αντικειμενικός σκοπός του ΠΜΣ είναι η παραγωγή επιστημόνων και ερευνητών/τριών υψηλής ειδίκευσης, ικανών να συμβάλλουν στον σχεδιασμό, στην ανάπτυξη και στην εφαρμογή μεθόδων και τεχνικών Γεωπληροφορικής για την επίλυση γεωγραφικών προβλημάτων που καλύπτουν όλο το φάσμα των πεδίων έρευνας της Γεωγραφίας, σε συνάρτηση με τις ειδικές αναπτυξιακές ανάγκες της χώρας καθώς και τις σύγχρονες ανταγωνιστικές γνώσεις στην ενιαία ευρωπαϊκή και παγκόσμια αγορά εργασίας.
Μέσα από τον συνδυασμό διδασκαλίας τόσο στο εργαστήριο όσο και στο πεδίο ο μεταπτυχιακός φοιτητής λαμβάνει την απαραίτητη γνώση σε θεωρητικό και πρακτικό επίπεδο. Ο μεταπτυχιακός φοιτητής θα έχει την ευκαιρία να έρθει σε επαφή με αληθινά γεωγραφικά προβλήματα και θα κληθεί να τα επιλύσει με σύγχρονες μεθόδους γεωπληροφορικής.